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試料に電子線を充て透過観察する装置を透過電子顕微鏡(ＴＥＭ）、反射観察を走査電子顕微鏡（ＳＥＭ）といいます。電子銃にはタングステンや六ほう化ランタンまたは電界放射型の装置があり、一般的にこの順でより高分解能な画像を得ることができます。その際試料から発せられるⅩ線のエネルギー値や波長から、表面の元素分析が可能であるため表面の元素分析装置としての使用される場合もあります。